Cibuti, Somali, Eritre ve Etiyopya arasında kalan, pek çok insanın adını dahi bilmediği çok küçük bir Afrika ülkesidir. Ancak bu ülkede asırlardır çok büyük karışıklıklar, savaşlar, katliamlar devam etmekte, Müslüman halk sömürgecilik döneminden bu yana çatışmalardan kurtulamamaktadır.
Cibuti bölgesine İslam 7. ve 8. yüzyıllarda geldi. 16. yüzyılın başlarına kadar, bölgenin yegane hakimi olan Müslümanların elinde bulunan Cibuti yöresi, daha sonra milletlerarası ticaret ve siyasette büyük bir güç haline gelen Portekiz'in etki alanında kaldı. Mısır'ın Osmanlı hakimiyetine geçmesi üzerine içinde bulunduğu Afrika Boynuzu'yla birlikte Osmanlı Devleti'ne katıldı.
Cibuti'nin asıl kanlı tarihi, Süveyş Kanalı'nın milletlerarası deniz trafiğine açılması ve Avrupa devletlerinin Afrika ve Asya ülkelerini ekonomik, siyasi, askeri ve dini maksatlarla hegemonyaları altına alma ve sömürge haline getirme yarışına girmeleriyle başladı. İngiltere ve Fransa, 19. yüzyılın en büyük devletleri olarak sömürgecilik ve yayılmacılık alanında büyük bir rekabete giriştiler ve bu arada İngiltere Aden'e (1839) ve Somali'ye (1869) yerleşip, Kızıldeniz'deki ticaret yolunun denetimi üzerinde önemli bir üstünlük elde etti. İşte bu aşamada Süveyş Kanalı açısından çok stratejik bir noktada bulunan Cibuti çok büyük önem kazandı. Fransa, İngiltere'nin bu avantajlı durumunu dengeleyebilmek için Cibuti kıyısında bir iskele kurdu. 1884 yılına kadar çeşitli anlaşmalar ve sözleşmelerle bölgeyi tamamen eline geçirdi.
Bundan sonraki yıllar Cibuti halkı için çok karanlık bir dönemdi. Müslüman Cibuti halkında ülkenin geleceği ile ilgili çok büyük bir görüş farklılığı vardı. Somali asıllı olan İşaalar Somali Cumhuriyeti ile birleşmeyi savunurlarken, Cibuti'nin ikinci büyük etnik topluluğu olan Müslüman Afarlar Fransa'ya bağlılığı savunuyorlardı. Bu iki ayrı görüş arasında Fransa'nın da tahrikiyle çatışmalar şiddetlendi. Somali ile birleşme taraftarı olan Müslümanlar sayıca fazla olmalarına rağmen, ülkede 16 Mart 1967 yılında yapılan referandumun neticesinde Fransa'ya bağlı kalma kararı alındı. Ancak Fransa'nın baskısı nedeniyle sahtekarlıkların karıştığı referandum sonrası çok büyük çatışmalar çıktı. Bunun üzerine Fransız birlikleri, Afarlar ve İşaalar arasında kanlı hale gelen olaylara müdahale bahanesiyle ülkeyi işgal ettiler, yerli halkın çok büyük bir bölümü öldürüldü, yüz binlercesi ülkeden sürüldü. Bu hareket sırasında İşaaların zayıflaması üzerine Afarlar yönetimi ele geçirdiler.
